Dopo il terremoto del 1693 che distrasse la prima Chiesa (di cui si conservano solo le colonne nell’atrio), nel 1695 cominciano i lavori per la costruzione dell’attuale D. che nel 1705 viene affidata a Francesco Rinaldi capo maestro. Il Santuario, vera e propria testimonianza di un prestigio fondato sulla devozione dei pellegrini, avrebbe richiesto di volta in volta la partecipazione degli architetti, scultori, pittori di Catania, Sortine, Siracusa, Palermo e delle maestranze locali per l’esecuzione.
È dunque a maestri come Francesco Rinaldi. all’opera nel 1705. o Francesco Pattavina, nel 1712. che i Rettori si rivolgono all’ini/io per la messa in opera dell’edificio; poi nel 1718, si assiste ad un salto di qualità, allorché si chiama Geronimo Palazzotto, capo maestro della città di Catania. Fra il 1720 e il 1763 i lavori procedono lentamente mentre contemporaneamente si infittiscono le ordinazioni per la decorazione interna.

Prospetto
In pietra intagliata su progetto dell’architetto Nicolo Sapia di Siracusa (1762); eseguita da Luciano Ali e Carmelo Mudano da Siracusa nel 1763.
Portale in bronzo opera dell’artista Domenico Girbino da Catania (1980).
La narrazione si apre in alto a destra con la scena della predicazione della parola presso i Gentili; segue sulla sinistra il Santo legato ad un albero mentre subisce il martirio. Al centro sempre a sinistra, è raffigurata con poche notazioni allusive la visita in carcere di Irene, mentre a destra è la gloria di S. Sebastiano che ascende i cicli; nella parte inferiore destra si vedono il sepolcro (in scorcio), sopra il quale si innalza il Santo, e le Figure-simboli della Speranza, della Fede e della Carità, recanti l’ancona, la fiaccola e la fiamma. A sinistra, concludono il racconto i cosiddetti “Nudi”, e sullo sfondo // loggiato della piazza.

Navata Centrale
Soffitto: Pitture in tela applicata al legno di Olivio Sozzi del 1754. Al centro D: La Gloria di San Sebastiano rivestito dell’armatura su una nube trasportata dagli angeli dei quali uno tiene la palma della vittoria, un altro l’elmo. Più in alto è possibile ammirare la Vergine Mediatrice di tutte le Grazie che siede sovrana tra Dio e San Sebastiano. Accanto è un angelo che dalla Trinità ha ricevuto la corona per posarla sul capo di San Sebastiano; altri due angeli presentano a Dio e agli uomini gli strumenti della vittoria di San Sebastiano: la freccia e l’arco. Ancora più in alto è rappresentata la Trinità.
Per altri due squarci compaiono due pezzi di ciclo in cui si affacciano: in quello verso l’altare due angioletti sorreggenti l’uno una corona di alloro, l’altro una palma; in quello verso il pronao altri due angioletti di cui uno porta la mazza con la punta terrea, I “altro si avvolge quasi impicciato nelle strisce bianche svolazzanti.

Medaglione vicino al pronao: stanno due divine matrone che si danno un bacio: simboleggiano la “Giustizia” e la “Pace”. Il gesto di carità delle due virtù viene imitato con ingenua semplicità da due angioletti che si abbracciano.

Medaglione vicino l’altare: il trionfo della fede sulla idolatria. La fede vestita di bianco stringe alla destra il calice con l’ostia bianca. Ai suoi piedi con le mani giunte e lo sguardo estatico è un angelo in adorazione. In primo piano un grande Arcangelo impugna la freccia, mentre il piede destro calca il capo di una donna scomposta e immodesta. Essa con la destra stringe un turibolo fumante. Accanto, la statua dell’idolo coronata di alloro.

Tele sugli archi: di Francesco Gra-mignani Arazzi da Catania del 1761, rappresentano vari episodi della vita di Mosè, con cui secondo il pittore ha della analogie San Sebastiano di Mclilli. perché salvato dalle acque rimane il difensore e la guida del popolo di Melilli.
Cominciando da destra guardando l’altare:
I. Mosè salvato dalle acque dalla figlia del faraone.
II. Mosè educato nella corte del faraone.
III. Mosè uccide un egiziano per difendere un suo connazionale.
IV. Mosè e il roveto ardente.
V. Mosè porta al faraone l’ambasciata di Dio.
VI. Mosè in preghiera sul monte con le braccia alzate. I seguenti sono forse di qualche discepolo del Grami-gnani perché non presentano gli stessi pregi artistici dei primi:
VII. Dio parla a Mosè sul Sinai.
Vili. Il passaggio del popolo ebreo per il mar rosso.
IX. Mosè batte con la verga la roccia e ne fa scaturire l’acqua.
X. Il vitello d’oro adorato dagli ebrei.
XI. Gli esploratori tornano dalla terra promessa portando i ricchi frutti di essa.
XII. La morte di Mosè.

Pavimento: in marmo a tarsie B. Disegno di Nicolo Daniele da Catania, eseguito da Tommaso Privi-tera da Catania nel 1773.
L’altare della Cappella della Madonna del Rosario (navata sinistra), l’altare e il ciborio della Cappella del Sacramento (navata destra), i dodici altari laterali e le pile dell’acqua benedetta, opere tutte in marmo, sono anch’essi di Tommaso Privitera eseguiti nel 1773.

Navata della Madonna del Rosario
Nella cappella: “Madonna dei Rosario, San Sebastiano e Santi Domenicani”: tela di Antonio Madiona E (1701). Su ogni altare laterale si può ammirare nel soffitto un medaglione a tempera di Olivio Sozzi raffigurante le diverse Virtù.
Altare del “Crocifisso” D: Tosello di Emanuele Flores e Pietro Sassi (1773). Soffitto: L’Obbedienza.
Altare della “Sacra Famiglia” B: tela di Placido Campolo (1744). Soffitto: La Purità.
Altare di “Cristo, la Vergine e le anime purganti” B: tela di O. Sozzi (1754). Soffitto: La Misericordia.
Soffitto in corrispondenza della porta laterale: La Devozione.
Altare della “Madonna del Filar” D : tela di autore ignoto sec. XVIII. Soffitto: La Carità.
Altare de “Il martirio di Santa Lucia ” B: tela di F. Gramigna-ni Arezzi(1773). Soffitto: La Verginità.
Altare de “Il martirio di San Bartolomeo” B: tela di Antonio Filocamo (1740). Soffitto: La Fortezza.

Navata del SS.MO sacramento
Altare dei “Santi Pietro e Paolo” EE: tela di autore ignoto messinese (1773). Soffitto: L’Umiltà.
Altare de “Il martirio di Sant’Agata” ED: tela di Romualdo Formosa (1765). Soffitto: La Grazia divina.
Altare di “Un miracolo di San Vincenzo Ferrer” EB: tela di O. So/.zi (1752). Soffitto: La Fede cattolica.
Nel soffitto sulla porta laterale che immette nel salone: la Contrizione.
Altare de “La Maddalena penitente” EE: tela di Placido Campolo(1740). Soffitto: La Castità.
Altare de “I Santi Apostoli Filippo e Giacomo ” ED : tela di Letterio Paladino (1740). Soffitto: La Vittoria.
Altare de “La Deposizione” EQ: tela di autore ignoto (1745). Soffitto: La Costanza.
Le cornici ad intaglio decorato in oro, per la maggior parte sono di Pietro e Cosimo Pani di Augusta (1742).

Il Presbiterio
II Cappellone EE fu costruito dal maestro Gaetano Vega da Sortino nel 1786. Riccamente indorato da Francesco Belila di Siracusa nel 1787.
L’Altare Maggiore realizzato da Gioacchino Boatta nel 1790 su progetto di Domenico Marabitti da Palermo.

Di particolare pregio il Paliotto dell’altare maggiore raffigurante “la pia vedova Irene che medica San Sebastiano ferito”, opera dello scultore palermitano Ignazio Marabitti; dello stesso autore le due statue raffiguranti la Fede e la Fortezza adagiate sul timpano.
La Porticina del Tabernacolo è di lapislazzulì con al centro un cuore di agata tutto di un pezzo.
Quadro centrale raffigurante il martirio di San Sebastiano – copia dell’originale di O. Sozzi distrutto ell’attentato del 1946-di Giovanni Valenti da Niscemi (1992).
Stalli del Coro Din noce riccamente intagliati da Giovanni Roggio e Giovanni Marino di Augusta nel 1781. Sulle pareti del coro due grandi tele del Moro, della casa Alinari di Firenze (1937). Una raffigura San Sebastiano che predica nelle catacombe (su tema); l’altra San Sebastiano dinanzi all’imperatore romano (riproduzione).
la sagrestia
Costruita nel 1727. Arredata nel 1746 con ricchi mobili in noce ad intarsi e intagli del maestro Nicolo Sapia da Siracusa. Sulla volta affreschi di Sebastiano Lo Monaco da Sortine raffiguranti i profeti (1788). Sulla porta che immette in Chiesa: tela di O. Sozzi: “San Sebastiano che nelle catacombe conforta Marco e Marcellino”. Sulla porta di uscita: “San Sebasiano nel secondo martirio” di autore ignoto del secolo scorso. Sulla porta dell’ufficio: tela di O. Sozzi: “San Sebastiano dinanzi a Diocleziano dopo il martirio delle frecce”.
Sulla porta dell’atrio: “San Sebastiano da la parola a Zoe ” di autore ignoto del secolo scorso.